本校於民國五十一年八月成立醫科，民國六十六年八月改制為七年制醫學系。本系修業年限為七年，課程安排五年、臨床教學一年、臨床實習一年，畢業後授與醫學士學位。每年招收學生兩班。本校另有醫學中心之實習教學醫院三院區(大慶院區、中興院區)，以達成基礎與臨床醫學相輔相成的目的。 

本校以教學、研究及服務為三大任務，且以培養傑出醫學人才為主，因此本系之教學，除教導學生追求豐富之醫學知識外，更重視其完整人格養成，藉此實現創校之目標，進而使中山醫學大學成為世界一流之醫學教育中心及醫療重鎮。