教育的使命 

        一個科技國家之基礎就在於高級知識人員的培植，而研究所就是培養專業高級知識人員的場所。在現今追求全民衛生保健的時代，醫學院所及其所屬老師必須肩負生物醫學從業人員的教育責任，而本所的教育使命，就是積極的培養蘊涵著現代醫學觀念及知識的高級知識人員，以參與及執行國家既定的醫療福利政策。

研究的責任

       現今醫療診斷的方法都是過去醫學研究的成果；21世紀是科技飛奔發展的時代，以醫學界而言，今日生醫的研究發展就將是確保未來健康保育制度進步與預防醫療技術提升的唯一方法，而本所的研究責任，就是積極從事有助國家對於預防、監控、診斷、及治療國內外流行之微生物感染的研究，並更進一步以追求卓越及突破性之研究為己任。

最終的目標

        無論是在教育或研究方面，均以促進國家醫療診斷的進步及增進國人健康福祉為主旨。微生物學是醫療原理基礎的重點學科之一，凡有關於例行醫學上的預防、診斷、及治療工作，醫護保健人員均無可避免的會接觸及處理因微生物感染所造成的疾病，由於現今國內外因人口增長、科技發展、環保改變、甚至恐怖份子等因素而造成感染疾病流行、細菌抗藥性、及不知名猛暴型感染及致死的病例日益升高，讓從事醫學教育的學校不得不更積極的加強與醫學微生物學相關人才的培育與研究的推動，以培養蘊涵著現代醫學觀念及知識的高級研究人員，來參與國家既定之醫療福利政策的執行及從事有助國家對於預防、監控、診斷、及治療國內外流行之微生物感染的研究，也因此國家醫療診斷之技術得以迅速而持續的進步，國人衛生健康之維護也能得到永續的保障。

發展的方向

        將因應學術界及21世紀的趨勢，以分子生物技術，結合臨床醫學與基礎科學的資源與師資，以從事致病微生物的致病基因、病原基因體、病原與宿主基因互動、病原引起自體免疫之分子機轉、抗藥性分子機轉、分子診斷、基因治療、核酸疫苗、生物科技、及其他具有前瞻性的研究與開發相關領域之教學及研究為研究方向。

構築基礎與臨床之橋樑

本科與附設醫院於93年5月共同成立「臨床病毒研究中心」，以支援臨床病毒感染之分離、純化及鑑定，並且結合醫師及老師團隊力是，積極發展分子診斷技術，投入國內病毒感染的預防、監控、診斷及治療。

積極參與感染方面生物技術的開發

近年來，國內爆越來越多的感染病症Emerging and reemerging infections），鑑於此微免科與校內從事微生物研究的老師，將積極投入對於感染原診斷、治療、疫苗等生物科技之開發，期望「學習與研究以致用」，以實施作為服務國人，並能促進「產官學」的合作，創造產值，推展經濟發展。